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跟着Nature Communications学作图:R语言ggplot2气泡图组合水平柱形图完整示例

论文Pan-Africangenomedemonstrateshowpopulation-specificgenomegraphsimprovehigh-throughputsequencingdataanalysishttps://www.nature.com/articles/s41467-022-31724-3本地pdfs41467-022-31724-3.pdf论文中公布了大部分图的数据,但是没有公布对应的作图代码,没有关系,我们可以自己写代码试着模仿,今天的推文重复一下论文中的Figure2D的下半部分image.png首先是右侧的气泡图部分示例数据截图image.png读取数据并作

跟着Nature学作图:R语言ggplot2山脊图添加辅助线

论文Graphpangenomecapturesmissingheritabilityandempowerstomatobreedinghttps://www.nature.com/articles/s41586-022-04808-9#MOESM8没有找到论文里的作图的代码,但是找到了部分组图数据,我们可以用论文中提供的原始数据模仿出论文中的图今天的推文重复一下论文中的Figure2aimage.png主要知识点如何在山脊图上添加辅助线另外一个知识点是如何把图例放到整个图的左下角部分示例数据截图image.png读取数据library(readxl)dat.fig2a数据转换为长格式libr

清华光电计算新突破:芯片性能提升万倍,研究登顶Nature

随着各类大模型和深度神经网络的涌现,如何制造出满足人工智能发展、兼具大算力和高能效的下一代AI芯片,已成为国际前沿热点。中国科协发布的2023重大科学问题中「如何实现低能耗人工智能」被排在首位。近日,清华大学团队在超高性能计算芯片领域取得新突破。相关成果以《面向高速视觉任务的纯模拟光电计算芯片》(All-analogphoto-electronicchipforhigh-speedvisiontasks)为题发表在Nature上。这枚芯片基于纯模拟光电融合计算架构,在包括ImageNet等智能视觉任务实测中,相同准确率下,比现有高性能GPU算力提升三千倍,能效提升四百万倍。图1相关论文(来源:

35年首次证明!NYU重磅发现登Nature:神经网络具有类人泛化能力,举一反三超GPT-4

35年来,认知科学、人工智能、语言学和哲学领域的研究人员一直在争论神经网络是否能实现类似人类的系统泛化。具体来说,人们一直认为,AI无法像人类一样具有「系统泛化(systematicgeneralization)」能力,不能对没有经过训练的知识做到「举一反三」,几十年来这一直被认为是AI的最大局限之一。最近,NYU和西班牙庞培法布拉大学的研究者首次证明——它可以!他们在这个方向取得了里程碑式的突破,论文已经刊发在了Nature上。论文链接:https://www.nature.com/articles/s41586-023-06668-3#auth-Brenden_M_-Lake-Aff1研究

Nature发文:该放开「一稿多投」了

“请停止囤积我们的论文”,Nature专栏刊登学者投稿。文章呼吁期刊应重新考虑“单一提交规则”的合理性,“一稿多投”禁令是时候被解除了。这篇文章的投稿人是梅努斯大学组织行为学助理教授DritjonGruda,他是PersonalityandIndividualDifferences等多个期刊的副主编,也是多个顶级学术期刊的审稿人。DritjonGruda之所以发来投稿,是因为和许多科研工作者一样,他不止一次经历过投稿后的漫长等待:有时论文发出去了,要隔大半年时间才能收到反馈,最后还被告知论文被拒,白等了不说,还错过了最佳发表时间。他表示,“如果我们当时可以同时将论文提交到其他地方,就可以避免这

清华新研究解密信息茧房!全新信息动力学理论,登Nature子刊

新一代信息与智能技术的迅猛发展推动着人类逐步迈入智能社会。在数字技术和智能推荐算法的加持下,媒体和平台越来越贴心,总是能最快最准的地契合人们的个性化偏好和需求。然而,与此同时,智能精准推荐致使「信息茧房」现象不断发酵,观点相似的人群在网络空间组成团体,特定价值偏好在群体中汇集放大,逐渐形成极端的观点。针对名人或社会事件的每一种极端观点都能够被利用成为意识形态加入和影响的工具,在网络空间和现实世界中推波助澜,掀起「汹汹民意」。然而,即便如此,我们对于信息茧房仍所知甚少:真实线上系统中的信息茧房究竟有多严重?缺乏大规模实证研究;信息茧房的形成机理是什么?缺乏基础理论支撑;如何解决信息茧房问题?缺乏

跟着Nature学作图:R语言pheatmap包做热图

论文是EnvironmentalfactorsshapingthegutmicrobiomeinaDutchpopulation数据和代码的github主页链接https://github.com/GRONINGEN-MICROBIOME-CENTRE/DMP这个也是数据代码的下载链接,可以看目录结构https://zenodo.org/record/5910709#.YmAcp4VBzic今天的推文重复一下论文中的ExtendedDataFig.10image.png论文中做数据计算和做这个图定义了一个很长很长的函数,这里只介绍作图代码,数据计算的过程我还看不懂这里主要有两个数据,一个是热图

跟着Nature Communications学作图:R语言ggplot2平滑曲线折线图

论文Ahighlyconservedcorebacterialmicrobiotawithnitrogen-fixationcapacityinhabitsthexylemsapinmaizeplantshttps://www.nature.com/articles/s41467-022-31113-w本地pdfs41467-022-31113-w.pdf数据代码链接https://github.com/PlantNutrition/Liyu今天的推文我们重复一下论文中的Figure2eimage.png关于平滑曲线,之前的推文有过介绍,可以参考我们看下这个论文里是用什么代码来实现的示例数据集

跟着Nature ecology and evolution学python:vcf文件转换成fasta文件

论文Apolarbearpaleogenomerevealsextensiveancientgeneflowfrompolarbearsintobrownbearshttps://www.nature.com/articles/s41559-022-01753-8image.png本地pdf文件Apolarbearpaleogenomerevealsextensiveancientgeneflowfrompolarbearsintobrownbears.pdf代码https://github.com/PopGenomics-WMS/Bruno_aDNA_analysishttps://gith

跟着Nature Genetics学作图:R语言ggpairs散点图一次性展示很多个主成分

论文PlasmaproteomeanalysesinindividualsofEuropeanandAfricanancestryidentifycis-pQTLsandmodelsforproteome-wideassociationstudieshttps://www.nature.com/articles/s41588-022-01051-w本地pdfs41588-022-01051-w.pdf代码链接https://zenodo.org/record/6332981#.YroV0nZBzichttps://github.com/Jingning-Zhang/PlasmaProtein/