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跟着Nature学作图：R语言pheatmap包做热图

小明的数据分析笔记本 2023-10-25 原文

论文是

Environmental factors shaping the gut microbiome in a Dutch population

数据和代码的github主页链接

https://github.com/GRONINGEN-MICROBIOME-CENTRE/DMP

这个也是数据代码的下载链接，可以看目录结构

https://zenodo.org/record/5910709#.YmAcp4VBzic

今天的推文重复一下论文中的 Extended Data Fig. 10

image.png

论文中做数据计算和做这个图定义了一个很长很长的函数，这里只介绍作图代码，数据计算的过程我还看不懂

这里主要有两个数据，一个是热图颜色的数据，另外一个是加减号的文本数据，部分示例数据集如下

image.png
image.png

读取数据

dat01<-read.csv("ExtendedFig10_01.csv",
                header=TRUE,
                row.names = 1)

dat02<-read.csv("ExtendedFig10_02.csv",
                header=TRUE,
                row.names = 1)

他这里还设置了一些额外参数，我保存到abc.Rdata这个数据集里了，加载这个数据集

load("abc.Rdata")

作图代码

pheatmap(dat01,
        annotation_row = NULL,
        annotation_names_row = T,
        labels_row = rownames(dat01),
        legend = T,
        show_rownames = T, 
        cluster_rows = clusterFeatures,
        cluster_cols = clusterPhenos,
        angle_col = 90,
        fontsize_number = textSize,
        border_color = "#EEEEEE",
        na_col = "white",
        fontsize = legendTextSize,
        treeheight_row = 0, 
        treeheight_col = 0,
        legend_labels = "sig*log(p-value)",
        color = myColor,
        fontsize_col = colTextSize,
        fontsize_row = rowTextSize,
        display_numbers = dat02,
        breaks = myBreaks,
        cellwidth = cellWidth,
        cellheight = cellHeight,
        filename = NA)
image.png

这里参数有点多，就不在推文里介绍了，争取录制视频介绍吧

示例数据和代码可以在公众号后台回复 20220531 获取

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