众所周知，今年TCGA数据库更新了一波，原来的HT-Counts现在变成了STAR-Counts。TCGABiolinks包的下载流程也发生了一些小小的变化。这里重新梳理一下TCGABiolinks的下载流程，供大家参考一、加载R包library(TCGAbiolinks)library(SummarizedExperiment)主要的R包主要是这么几个，其中SummarizedExperiment是为了提取不同类型（Counts/TPM……）的数据的。二、下载数据首先来查看一下TCGAbiolinks可以下载的数据类型>getGDCprojects()$project_id[1]"EXCEP

众所周知，今年TCGA数据库更新了一波，原来的HT-Counts现在变成了STAR-Counts。TCGABiolinks包的下载流程也发生了一些小小的变化。这里重新梳理一下TCGABiolinks的下载流程，供大家参考一、加载R包library(TCGAbiolinks)library(SummarizedExperiment)主要的R包主要是这么几个，其中SummarizedExperiment是为了提取不同类型（Counts/TPM……）的数据的。二、下载数据首先来查看一下TCGAbiolinks可以下载的数据类型>getGDCprojects()$project_id[1]"EXCEP

2022年4月，TCGA数据库进行了一次更新，原来的HT-RNASeq数据被替换成了Star-RNASeq，这导致原有的TCGAbiolinks包能正常下载数据，但是不能用GDCprepare函数正常合并下载的数据集。如果用之前版本的包，在尝试这一步的时候会报错。ERROR:Can'tsubsetcolumnspasttheend解决的办法就是升级TCGABiolinks这个包，不过由于Biocmanager上的版本比较低，建议直接从Github进行更新。BiocManager::install("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinksGUI.data")BiocMan

2022年4月，TCGA数据库进行了一次更新，原来的HT-RNASeq数据被替换成了Star-RNASeq，这导致原有的TCGAbiolinks包能正常下载数据，但是不能用GDCprepare函数正常合并下载的数据集。如果用之前版本的包，在尝试这一步的时候会报错。ERROR:Can'tsubsetcolumnspasttheend解决的办法就是升级TCGABiolinks这个包，不过由于Biocmanager上的版本比较低，建议直接从Github进行更新。BiocManager::install("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinksGUI.data")BiocMan