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TCGAbiolinks包报错:“Can't subset columns past the end”

CrimsonUMO 2023-03-28 原文

2022年4月,TCGA数据库进行了一次更新,原来的HT-RNASeq数据被替换成了Star-RNASeq,这导致原有的TCGAbiolinks包能正常下载数据,但是不能用GDCprepare函数正常合并下载的数据集。如果用之前版本的包,在尝试这一步的时候会报错。

ERROR: Can't subset columns past the end

解决的办法就是升级TCGABiolinks这个包,不过由于Biocmanager上的版本比较低,建议直接从Github进行更新。

BiocManager::install("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinksGUI.data")
BiocManager::install("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks")

TCGAbiolinks的安装需要依赖于TCGAbiolinksGUI.data,装的时候记得先把原来的两个包卸掉,然后先装TCGAbiolinksGUI.data。完成之后可以看到TCGAbiolinksGUI.data的版本已经变成了1.15.1



然后就可以安装TCGAbiolinks了
完成之后就可以正常使用了
另外TCGA更新之后所有的GDCworkflow都变成了STAR-Counts,后面需要TPM或者FPKM的话,需要在assay函数里面加i=的参数

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