论文MiDAS4:Aglobalcatalogueoffull-length16SrRNAgenesequencesandtaxonomyforstudiesofbacterialcommunitiesinwastewatertreatmentplantshttps://www.nature.com/articles/s41467-022-29438-7数据链接https://figshare.com/articles/dataset/Dueholm2021a_data_zip/16566408/1代码链接https://github.com/msdueholm/MiDAS4今天的推文我们重复
复杂散点图从这个系列开始，师兄就带着大家从各大顶级期刊中的Figuer入手，从仿照别人的作图风格到最后实现自己游刃有余的套用在自己的分析数据上！这一系列绝对是高质量！还不赶紧点赞+在看，学起来！参考文献本期分享的是NatureCommunications上一篇关于机器学习的文章中的散点图。这个散点图的亮点在于充分利用了散点的填充和描边属性，将两者与图形要表达的意义相结合，另外再加上散点的大小属性，使得这个图非常的美观且内涵丰富。内容很充实，记得点赞哦！话不多说，直接上图！示例数据和代码获取跟着NatureMedicine学作图--复杂散点图读图原图这个散点图的亮点在于充分利用了散点的填充和描边
跟着NatureCommunication学作图|百分比堆积柱状图+卡方检验stack_barplot.jpg今天我们复现一幅2021年6月发表在naturecommunications上的热图。Title：MoleculardeterminantsofresponsetoPD-L1blockadeacrosstumortypesDOI：https://doi.org/10.1038/s41467-021-24112-w之前复现过的堆积柱状图：跟着NatCommun学作图|3.物种丰度堆积柱状图R绘图|圆角堆叠柱状图(ggchicklet)22本期图片NC_stack_barplot.png结
论文Ahighlyconservedcorebacterialmicrobiotawithnitrogen-fixationcapacityinhabitsthexylemsapinmaizeplantshttps://www.nature.com/articles/s41467-022-31113-w本地pdfs41467-022-31113-w.pdf数据代码链接https://github.com/PlantNutrition/Liyu今天的推文我们重复一下论文中的Figure2fimage.png这个图怎们看，然后表达的是什么含义，我暂时还想不明白，论文中给的图注是Ternaryplo
论文https://www.nature.com/articles/s41559-022-01771-6#code-availability论文没有权限下载但是查看数据代码链接的时候发现github主页上提供了论文的下载链接论文中的图做的都非常好看，而且提供数据和代码，我们可以找来学习数据代码链接https://github.com/sebepedroslab/chromatin-evolution-analysis今天的推文我们学习一下论文中提供的画多序列比对的代码。我没有在论文中找到对应的图，只是github的链接里有数据和代码论文中国提供的代码library(stringr)librar
论文Alatitudinalgradientofdeep-seainvasionsformarinefisheshttps://www.nature.com/articles/s41467-023-36501-4s41467-023-36501-4.pdf论文中对应的图实现的代码都有，链接是https://github.com/stfriedman/Depth-transitions-paper里面有个弦图很好看，在论文中对应的是figure3,对应画图代码是上面链接中的figure2image.png论文中的作图数据是没有提供的，这里我就随便构造一个数据，能够把论文中提供的代码运行通就可以示
论文Meta-analysisoftheimpactsofglobalchangefactorsonsoilmicrobialdiversityandfunctionalityhttps://www.nature.com/articles/s41467-020-16881-7#Sec15论文里提供了数据和代码，很好的学习素材这篇论文是公众号的一位读者留言，说这篇论文提供了数据和代码，但是代码比较长，看起来比较吃力。我看了论文中提供的代码，大体上能够看懂，争取抽时间把论文中提供的代码都复现一下。因为论文中的图都对应着提供了作图数据，我们想复现论文中的图。关于用原始数据分析的部分后续有时间在单独介
论文Whole-genomedoublingdrivesoncogeniclossofchromatinsegregationhttps://www.nature.com/articles/s41586-023-05794-2#MOESM10作图数据都有，论文中的图也很好看，抽时间复现今天的推文复现一下论文中的Figure1e三角热图ggplot2能够做这种三角热图，但是怎么让热图的尖朝上，之前还没有尝试过，基本思路就是可以让整个图进行旋转，查了一下怎么让ggplot2整体旋转，很多都是借助grid包的语法来实现，但是grid的作图我还不是很理解，找了好长时间看有没有ggplot2的扩展包可以
论文EnvironmentalfactorsshapingthegutmicrobiomeinaDutchpopulationhttps://www.nature.com/articles/s41586-022-04567-7s41586-022-04567-7.pdf数据和代码下载链接https://github.com/GRONINGEN-MICROBIOME-CENTRE/DMP论文中提供的是模拟数据集这个分析的具体原理暂时还看不明白，当前只能试着把代码跑通输入数据集部分截图image.png读取数据集inDFmeta对数据集进行过滤他这里自定义了一个函数，很长很长，这里把他自定义的函数
论文Aglobalreptileassessmenthighlightssharedconservationneedsoftetrapodshttps://www.nature.com/articles/s41586-022-04664-7#Sec33数据代码链接https://github.com/j-marin/Global-reptile-assessment-今天的推文学习一下推文中的Figure1a的堆积柱形图，没有找到论文中的作图代码，但是找到了原始数据集，有了原始数据集就可以自己写代码来做这个图image.png作图数据集部分截图image.png读取数据集library(rea
