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python mmap.error : Too many open files. 怎么了？

coder 2023-06-20 原文

我正在使用 pupynere 界面 (linux) 读取一堆 netcdf 文件。以下代码会导致 mmap 错误:

import numpy as np
import os, glob
from pupynere import NetCDFFile as nc
alts = []
vals = []
path='coll_mip'
filter='*.nc'
for infile in glob.glob(os.path.join(path, filter)):
        curData = nc(infile,'r')
        vals.append(curData.variables['O3.MIXING.RATIO'][:])
        alts.append(curData.variables['ALTITUDE'][:])
        curData.close()

错误:

$ python2.7 /mnt/grid/src/profile/contra.py
Traceback (most recent call last):
  File "/mnt/grid/src/profile/contra.py", line 15, in <module>
  File "/usr/lib/python2.7/site-packages/pupynere-1.0.13-py2.7.egg/pupynere.py", line 159, in __init__
  File "/usr/lib/python2.7/site-packages/pupynere-1.0.13-py2.7.egg/pupynere.py", line 386, in _read
  File "/usr/lib/python2.7/site-packages/pupynere-1.0.13-py2.7.egg/pupynere.py", line 446, in _read_var_array
mmap.error: [Errno 24] Too many open files

有趣的是，如果我注释其中一个 append 命令(两者都可以!) 它会起作用!我究竟做错了什么？我正在关闭文件，对吗？这在某种程度上与 python 列表有关。我使用了一种不同的、低效的方法 before (总是复制每个元素)有效。

PS:ulimit -n 产生 1024，程序在文件号 498 处失败。

可能与以下内容有关，但解决方案对我不起作用:NumPy and memmap: [Errno 24] Too many open files

最佳答案

我的猜测是 pupynere 中的 mmap.mmap 调用使文件描述符保持打开状态(或创建一个新的)。如果你这样做会怎样:

vals.append(curData.variables['O3.MIXING.RATIO'][:].copy())
alts.append(curData.variables['ALTITUDE'][:].copy())

关于python mmap.error : Too many open files. 怎么了？，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/5830397/

pythonerrorpupyneresectioncodelinuxnumpymmapnetcdf

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