我有两个python脚本。第一个脚本调用第二个脚本表，我需要在其中执行第三方python脚本。它看起来像这样:#thecallfromthefirstscript.cmd="qsub-syncy-b-cwd-V-qlong-t1-10-tc5-N'script_two'./script2.py"script2thread=pexpect.spawn(cmd)#endofscript1所以在这里我将10个作业发送到队列中。在脚本2中，我有一个基于task_id的case语句。在每一个中，我都使用不同的参数对第三方脚本进行了类似的调用。...elif(task_id==4)subproce
我有两个python脚本。第一个脚本调用第二个脚本表，我需要在其中执行第三方python脚本。它看起来像这样:#thecallfromthefirstscript.cmd="qsub-syncy-b-cwd-V-qlong-t1-10-tc5-N'script_two'./script2.py"script2thread=pexpect.spawn(cmd)#endofscript1所以在这里我将10个作业发送到队列中。在脚本2中，我有一个基于task_id的case语句。在每一个中，我都使用不同的参数对第三方脚本进行了类似的调用。...elif(task_id==4)subproce
我有以下shellscript:#!/bin/shcd/sw/local/bin/exportLD_LIBRARY_PATH=/sw/local/lib:/usr/local/Trolltech/Qt-4.7.2/lib:$LD_LIBRARY_PATH./FeatureFinderRaw-in/homes/JG-C1-18.mzML-out/homes/test_remove_after_use.featureXML-threads20当我从我自己的命令行运行它时它工作正常，但是当我尝试这样做时:qsub-qningal.q-cwd-V-o/homes/queue.out-e/que
我有以下shellscript:#!/bin/shcd/sw/local/bin/exportLD_LIBRARY_PATH=/sw/local/lib:/usr/local/Trolltech/Qt-4.7.2/lib:$LD_LIBRARY_PATH./FeatureFinderRaw-in/homes/JG-C1-18.mzML-out/homes/test_remove_after_use.featureXML-threads20当我从我自己的命令行运行它时它工作正常，但是当我尝试这样做时:qsub-qningal.q-cwd-V-o/homes/queue.out-e/que
我不熟悉使用Startcluster/qsub/gridengine来运行并行作业，我尝试阅读其他几篇与此相关的文章。我仍然不确定如何为我的特定要求构建可扩展的解决方案。在继续进行相同的操作之前，我想听取更多建议。这是我的要求:我有一个巨大的tar文件[~40-50GB，最大可达100GB]----->我在这里无能为力。我接受了一个巨大的单个tar文件作为输入。我必须解压缩它----->我运行tarxvftarfilename.tar|parallelpbzip-d解压和解压缩相同的。这个解压缩的输出是几十万个文件，大约500,000个文件。必须处理这些未压缩的文件。我有模块化代码，可
我想向我正在使用的集群网络提交一个多线程作业-但是关于qsub的手册页并不清楚这是如何完成的——默认情况下，我猜它只是将它作为一个正常的作业发送，而不管多线程——但这可能会导致问题，即将许多多线程作业发送到同一台计算机，放慢速度。有人知道怎么实现吗？谢谢。批处理服务器系统是sge。 最佳答案 在SGE/UGE中，配置由管理员设置，因此您必须检查他们所谓的并行环境qconf-splmakeour_paraq在配置中寻找带有$pe_slots的qconf-spmakeqconf-spour_paraqqsub与您要使用的环境和核心数qs
我想使用qsub(SGE8.1.3、CentOS5.9)在需要使用管道(|)或重定向()的网格上运行一些命令>)。例如，假设我必须并行化命令echo'helloworld'>hello.txt(显然是一个简化的示例:实际上我可能需要将bowtie等程序的输出直接重定向到samtools)。如果我这样做了:qsubecho'helloworld'>hello.txthello.txt的结果内容看起来像Yourjob123454321("echo")hasbeensubmitted同样，如果我使用管道(echo"helloworld"|myprogram)，该消息就是所有将传递给mypro
我有一个程序通常在Linux的conda环境中运行，因为我用它来管理我的库，按照以下说明:sourceactivatemy_environmentpythonhello_world.py如何在使用PBS的高性能计算机上运行hello_world.py。说明说明如何运行调整代码script.sh，如下所示，并使用指令qsub调用。#script.sh#!/bin/sh#PBS-S/bin/sh#PBS-Njob_example#PBS-lselect=24#PBS-joecd$PBS_O_WORKDIRmpiexec./programa_mpi如何在我的anaconda环境中使用qsub
我想使用qsub提交一堆作业-这些作业都非常相似。我有一个带有循环的脚本，在每个实例中它都会重写一个文件tmpjob.sh然后执行qsubtmpjob.sh。在作业有机会运行之前，tmpjob.sh可能已被循环的下一个实例覆盖。作业等待运行时是否存储了tmpjob.sh的另一个副本？或者我需要小心不要在工作开始之前更改tmpjob.sh吗？ 最佳答案 假设您在谈论扭矩，那么是的；扭矩在提交时读入脚本。事实上，提交脚本根本不需要作为文件存在；如documentationfortorque中的示例所示，您可以将命令通过管道传递给qsub
如何参数化在网格上执行的shell脚本(以qsub开头)？我有一个shell脚本，我使用getopts来读取参数。当我使用qsub启动(qsubscript.sh-rfirstparam-ssecondparam..)这个工作脚本时，我收到错误消息，qsub:invalidoption--sqsub:illegal-rvalue因为qsub认为参数是为自己的。然而我还没有找到任何解决方案。谢谢 最佳答案 使用qsub-v选项是正确的方法:qsub-vpar_name=par_value[,par_name=par_value...]
