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MindSponge分子动力学模拟——定义一个分子系统(2023.08)

技术背景在前面两篇文章中,我们分别介绍了分子动力学模拟软件MindSponge的软件架构和安装与使用教程。这里我们进入到实用化阶段,假定大家都已经在本地部署好了基于MindSpore的MindSponge的编程环境,开始用MindSponge去做一些真正的分子模拟的工作。那么分子模拟的第一步,我们就需要在MindSponge中去定义一个分子系统Molecule()。基础类Molecule的解析我们先来看一下源代码中的Molecule这个类的自我介绍:classMolecule(Cell):r"""Baseclassformolecularsystem,usedasthe"systemmodul

MindSponge分子动力学模拟——安装与使用(2023.08)

技术背景昇思MindSpore是由华为主导的一个,面向全场景构建最佳昇腾匹配、支持多处理器架构的开放AI框架。MindSpore不仅仅是软件层面的工具,更重要的是可以协同华为自研的昇腾Ascend平台,做到软硬件一体的行业解决方案。基于MindSpore的高通量、自动微分和自动并行等高级特性,以及对于python第三方库numpy的友好支持,我们开发了一款可以在MindSpore上进行分子动力学模拟的,模块化、高通量、端到端可微的下一代智能分子模拟程序库——MindSponge。该程序库最新的开发版,可以参考这个仓库地址的develop分支。而MindSponge的最新稳定版,会最终协同另外几