hifiasm大概是目前为止支持PacBioHiFi数据组装的所有软件中表现最优异的软件了。它不但能输出primaryassemblyresult，还能分别组装出单倍体(haplotype)基因组的组装结果。今天的分享就从hifiasm的组装开始，其他的组装软件之后也会介绍到。可用资源文章地址：https://www.nature.com/articles/s41592-020-01056-5GitHub地址：https://github.com/chhylp123/hifiasm官方教程：https://hifiasm.readthedocs.io/en/latest/index.html洲

记录下如何手动解决hifiasm装单倍型失败的例子，许多之前做过的分析，写过的脚本，没整理都有点模糊了，遇到同样的问题又要重新想一遍。所以还是对典型问题多记录一下，帮助自己回忆问题来源：hifiasm的HIC模式可以分出两套hap1和hap2，而且质量较高，当然如果没有父母本的二代测序，仅用HICmode分单倍型，在某些区域是有可能由于物种杂合度过低而分不出来的，我用同一套参数组装挂载了两个物种，其中杂合度高的物种分单倍型hap的效果非常好，但另一个杂合度低的物种在调图时遇到了这样的情况我是将两套hapcat到一起挂载的，这样可以识别出一些潜在的组装错误。在这两张hic图中，可以发现有些con