利用协方差矩阵，特征值和特征向量将高纬变量投影到数个低维变量的过程；PCA分析的过程就是从千万级别的SNP位点中提取关键信息，以便使用更少的变量就可以对样本进行有效的刻画和区分;常用分析软件有：R、ldak、GCTA、EIGENSOFT等；其结果可以代替群体结构分析的结果，作为协方差矩阵运用于关联分析。Wangetal.,2013,NatureCommunications1.下载及安装1.1下载地址https://cnsgenomics.com/software/gcta/#Download1.2安装$unzipgcta_1.92.0beta3.zip#调用$./gcta642.主成分计算2.