在使用clusterProfiler包进行enrichKEGG()分析时，默认使用KEGG在线最新数据进行分析（use_internal_data=FALSE）。但由于网络因素影响，常常会出现以下情况：如果出现这种情况，建议等网络环境比较宽松时再次运行！（晚11点之后，成功的概率比较大） 然而即使这样，也可能出现如下报错：这种情况是由于KEGG链接原因导致的，具体解决办法建议参考生信~鱼同学的文章！（链接：http://t.csdn.cn/Y0Fg0）在解决上面两个常见报错之后，已经可以使用clusterProfiler包和KEGG在线数据进行enrichKEGG分析了。但是笔者还是推荐使用本
里面有些坑，写篇博客介绍一下。R包clusterProfiler是生物信息分析汇总，基因富集分析可视化经常用到的R包，但是安装时，新手经常会遇到一些问题，这里简单总结一下。看重点：正确的安装方式官网：https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/clusterProfiler.html在R中运行下面命令，安装即可：if(!require("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("clusterProfiler")1.在
报错一-->Nogenecanbemapped....-->ExpectedinputgeneID:-->returnNULL...报错原因：在线查询KEGG数据库更新了，需要用新版本的R，更新clusterProfiler包R版本不对 R4.1报错二>ekk=enrichKEGG(gene=eg$ENTREZID,organism=organism,keyType="kegg",pAdjustMethod="none",pvalueCutoff=0.5,qvalueCutoff=1)ReadingKEGGannotationonline:"https://rest.kegg.jp/link/
摘要 刚开始接触项目的时候一直用公司搭建好的流程分析项目，慢慢学习后，发现有些地方的注释除了靠参考基因组相关的注释文档，还需要对应物种。在R中绘制KEGG.GOenrich富集图就需要根据物种来读取相应注释包，这里记录一份常用物种及对应注释包表，方便以后使用。注释表packagesorganismorg.Ag.eg.dbAnophelesorg.At.tair.dbArabidopsisorg.Bt.eg.dbBovineorg.Ce.eg.dbWormorg.Cf.eg.dbCanineorg.Dm.eg.dbFlyorg.Dr.eg.dbZebrafishorg.EcK12.eg.dbE
摘要 刚开始接触项目的时候一直用公司搭建好的流程分析项目，慢慢学习后，发现有些地方的注释除了靠参考基因组相关的注释文档，还需要对应物种。在R中绘制KEGG.GOenrich富集图就需要根据物种来读取相应注释包，这里记录一份常用物种及对应注释包表，方便以后使用。注释表packagesorganismorg.Ag.eg.dbAnophelesorg.At.tair.dbArabidopsisorg.Bt.eg.dbBovineorg.Ce.eg.dbWormorg.Cf.eg.dbCanineorg.Dm.eg.dbFlyorg.Dr.eg.dbZebrafishorg.EcK12.eg.dbE
在我以为ClusterProfiler已经安装好的时候，又遇到了一些问题。后遂记录一下这些问题和解决方法。报错1：BiocManager::install(“org.Hs.eg.db”)Warningmessages:1:Infile.copy(savedcopy,lib,recursive=TRUE):拷贝C:\Users\xyf\Documents\R\win-library\4.0\00LOCK\graphlayouts\libs\x64\graphlayouts.dll到C:\Users\xyf\Documents\R\win-library\4.0\graphlayouts\libs
在我以为ClusterProfiler已经安装好的时候，又遇到了一些问题。后遂记录一下这些问题和解决方法。报错1：BiocManager::install(“org.Hs.eg.db”)Warningmessages:1:Infile.copy(savedcopy,lib,recursive=TRUE):拷贝C:\Users\xyf\Documents\R\win-library\4.0\00LOCK\graphlayouts\libs\x64\graphlayouts.dll到C:\Users\xyf\Documents\R\win-library\4.0\graphlayouts\libs
