目录全局比对算法（Needleman-Wunsch）原理R代码实现局部比对算法（Smith-Waterman）原理R代码实现总结全局比对算法（Needleman-Wunsch）原理其实这个跟数据结构学过的最短路径问题很像，核心思想就是依次寻求重复子问题的最优子结构。Needleman-Wunsch算法是一种全局联配算法，从整体上分析两个序列的关系，即考虑序列总长的整体比较，用类似于使整体相似最大化的方式，对序列进行联配。两个不等长度序列的联配分析必须考虑在一个序列中一些碱基的删除，即在另一序列做空位(Gap)处理。R代码实现#全局比对（Needleman-Wunsch）#定义匹配、不匹配、ga

我的needleman-wunsch实现几乎可以正常工作，但我对如何处理特定案例的回溯感到困惑。想法是，为了重新构建序列(最长路径)，我们重新计算以确定得分来自的矩阵。我遇到问题的边缘情况是右下角的分数不在匹配矩阵中，而是在插入列矩阵中(这意味着生成的追溯序列应该有一个插入。这些序列以a2m格式记录，其中序列中的插入被记录为小写字符。所以在最终输出中，ZZ到AAAC的对齐方式应该是AAac。当我手动回溯时，我以AAAc结束，因为我只访问了Ic矩阵一次。Here是我的白板的图片。如您所见，我有三个黑色箭头和一个绿色箭头，这就是为什么我的回溯给了我AAAc。我应该数第一个单元格，然后停在位