很接近bowtie2与bwa1.基本流程1.1.建立参考基因组hisat2-build可为UCSC、NCBI、Ensembl等来源的fasta文件，多个文件以逗号分隔1.2.比对样本readshisat2输出为SAM文件1.3.下游SAMtools/BCFtools分析samtoolsview将SAM转化为BAMsamtoolssort将BAM转化为sortedBAMsortedBAM方便长期储存samtoolsmpileup，bcfview产生VCF文件2.安装搭建下载链接：HISAT2：Download|HISAT2(daehwankimlab.github.io)NCBI-NGS：htt

featureCounts是一个用来统计count数的软件，运行的速度飞快，比之前用的htseq-count快了好多好多。照例先说一下怎么下载这个软件：wgethttps://jaist.dl.sourceforge.net/project/subread/subread-1.6.2/subread-1.6.2-Linux-x86_64.tar.gztar-zxvfsubread-1.6.2-Linux-x86_64.tar.gzcdsubread-1.6.2-Linux-x86_64/bin./featureCounts-h然后来说这次的流程。照旧用Hisat2来比对出Bam文件之后。使用f