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单细胞转录组之使用CellChat对单个数据集进行细胞间通讯分析

1.CellChat对象的创建、处理及初始化1.1使用Seurat对象创建CellChat对象1.2使用表达矩阵创建CellChat对象1.3设置配体受体交互数据库1.4表达数据的预处理2.细胞通信网络推断2.1计算通信概率并推断cellchat网络2.2提取推断的cellchat网络作为数据框架2.3在信号通路级别推断细胞-细胞通信2.4计算整合的细胞通信网络3.细胞通信网络的可视化3.1使用层次结构图、圆图或和弦图可视化每个信号通路3.2计算每个配体受体对整体信号通路的贡献,并可视化由单个配体受体对调节的细胞通信3.3自动保存所有推断网络的模块以进行快速探索3.4可视化由多个配体受体或信号

单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》2.2CellChat多组别分析

前言在前面的一讲内容里(单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》2.1CellChat基础分析教程)我们已经给大家介绍了CellChat单样本数据处理的实操。本讲的内容主要向大家展示如何挖掘细胞通讯在不同组别中的差异。本次课程所涉及的代码、测试文件在公众号后台中回复“CellChat多组别分析”获取。后续的代码如果不出意外都会在西柚云服务器中演示(做生信,如果你还在为电脑配置而烦恼。网址:西柚云生信共享服务器)。视频教程单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》2.2CellChat多组别分析往期回顾如果你还没学完基础课程,一定要跟着下面蓝色超链接的顺序走,每篇文章中的超链接要点开看(按顺序掌握自然没有

单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》2.1CellChat基础分析教程

前言在前面的一讲内容里(单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》1.概论)我们已经给大家介绍了细胞通讯的基本概念。本讲的内容主要是带领大家走一遍CellChat最基础的workflow,类似于我们学习Seurat时的“单样本分析”部分,旨在向大家介绍CellChat的基本语法、用法及功能。本次课程所涉及的代码、测试文件在公众号后台中回复“CellChat.P1”获取。后续的代码如果不出意外都会在西柚云中制作(https://www.xiyoucloud.net/aff/UPWEQQBD)。时长超啦,完整视频直接去B站看吧:Cellchat基础分析教程实操Cellchat基础分析代码结果一览:单细胞