众所周知3Dslicer和SimpleITK对三维医学图像的某些参数并不一致。。。在正文之前首先要介绍IJK坐标系和RAS坐标系IJK坐标系是对图像本身而言，三维图像是一个一个一个体素组成，IJK坐标就是这些体素的坐标或者索引，IJK一般只有非负整数值。如果以三维矩阵获取图像，那么IJK就是这个矩阵的索引。在下文的GetArrayFromImage()和arrayFromVolume()函数就是以三维矩阵获取图像。RAS坐标系也叫世界坐标系，是物理空间中的绝对坐标系或者叫大地坐标系，如果不习惯叫RAS的话，可以记住X指向R面，Y指向A面，Z指向S面（我也经常搞混，不如就XYZ等同于RAS）。这

目录简介用户界面数据探针应用程序菜单工具栏状态栏查看加载的数据选择显示的数据与视图交互查看交叉引用鼠标模式3D视图切片视图数据格式DICOM 格式NIFTI 格式DICOM 和 NIFTI 的区别Nrrd 格式.mhd+rawmhd格式数据3DSlicer数据格式数据保存数据格式之间的关系1.mrml与nrrd格式之间的关系2.nii与nii.gz格式之间的关系3.如何保存为img文件格式 nrrd批量转换nii参考链接相关链接简介3DSlicer用于医学图像分析（包括配准和交互式分割）和可视化（包括3D渲染）以及用于图像引导治疗研究的软件平台。支持的操作系统：Linux，MacOSX和Win

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一、前期准备Linux系统安装Freesurfer、MATLAB插件spm12、fieldtrip，Windows下载mricron、Slicer3D（需要插件SlicerFreeSurfer）软件文件准备ct和mrit1文件，格式为dicom，需要转换为nii格式（可在spm中转换）转换nii详细介绍edf文件，包含脑电的所有数据电极位置图，手术计划二、Ubantu下进行脑区分割准备工作1、安装好matlab和freesurfer2、在目标位置创建文件夹3、开放权限4、将需要计算的nii文件放入文件夹使用matlab进行计算需要提前下载好fieldtrip并解压，设置路径（包括全部子文件夹）

文章目录1.利用3Dslicer软件提取影像组学特征2.利用python提取影像组学特征1.利用3Dslicer软件提取影像组学特征安装插件：SlicerRadiomics导入影像文件：breast1_label.nrrd（mask文件）和breast1_image.nrrd（个人影像文件）。切换插件：WelcometoSlicer→Informatics→Radiomics设置参数（如图）：◆SelectInputVolumeandSegmentationinputimageVolume:breast1_image（个人影像文件）inputregions感兴趣区：breast1_label（

目录Worldcoordinatesystem世界坐标系xyzAnatomicalcoordinatesystem解剖学坐标系(LPS/RAS/RAI)Imagecoordinatesystem图像坐标系ijkImagetransformation图像转换三维坐标变换A.旋转矩阵和旋转向量B.欧拉角C.四元数​编辑计算平面角AnglePlanes插件参考链接处理医学图像和应用程序时的问题之一是坐标系之间的差异。成像应用中常用三种坐标系：xyz是世界坐标系RAS是解剖坐标系，单位mmIJK是像素/体素坐标系，单位像素pixel/体素voxel世界（xyz轴）                解剖学