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xml - lapply 在 xml 对象列表上

coder 2024-06-29 原文

这是我在这里的第一篇文章，所以请原谅发帖指南中的任何错误

我正在尝试从 pubmed 中读取 xml 数据，以提取有关作者隶属关系的数据

每个条目包含一组节点，如下所示:

<AuthorList>
          <Author>
            <LastName>Serra-Blasco</LastName>
            <ForeName>Maria</ForeName>
            <Initials>M</Initials>
            <AffiliationInfo>
              <Affiliation>Department of Psychiatry, Hospital de la Santa Creu i Sant Pau, Biomedical Research Institute Sant Pau (IIB Sant Pau), Universitat Autònoma de Barcelona (UAB), Centro de Investigación Biomédica en Red de Salud Mental (CIBERSAM), Barcelona, Catalonia, Spain.</Affiliation>
            </AffiliationInfo>
          </Author>
          ...

我想以一个连续包含每个作者姓名和从属关系的数据框结束。

我尝试使用 xpathSApply 来解析读取“//Author”的节点，并以 xml 节点列表结束。

进一步的解析被证明是一个问题:我已经编写了适用于此列表的单个元素的代码；

例如，如果列表是 authorlist

我可以使用此函数(在元素中使用 xpathSApply)为 authorlist[[1]] 提取适当的数组

但是当我尝试围绕这个函数进行 lapply 包装时，它给我一个错误，提示它无法对列表执行 xpathApply。确切的错误调用是:

Error in UseMethod("xpathApply") : no applicable method for 'xpathApply' applied to an object of class "list"

我推测 lapply 调用列表子集与 [i] 的等效项，而我需要的是 [[i]]。有没有解决的办法？或者我是否必须考虑其他一些规则来重写？

我愿意重写(这只是我在做的一些无聊的事情)但是这个问题看起来很有趣，希望你能帮忙!

最佳答案

在处理 html/xml 文件时，我更喜欢使用包 rvest。基于您的简单示例:

library(rvest)
myxml<-read_xml("author.xml")

lastname<-xml_text(xml_nodes(myxml,"LastName"))
firstname<-xml_text(xml_nodes(myxml,"ForeName"))
affiliation<-xml_text(xml_nodes(myxml,"Affiliation"))
df<-data.frame(firstname, lastname, affiliation)

如果 xml 文件的结构发生变化，那么调用 data.frame 命令将出错，并且需要一些额外的工作才能正确解析文件。

关于xml - lapply 在 xml 对象列表上，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/37185787/

xmllapplysectionltrsubset

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