jjzjj

c++ - 在 Rcpp 中包装一个 Fortran 函数

coder 2024-02-22 原文

这最初在我看来是一项简单的任务，但我无法完成以下工作。我试图将一个 fortran 子例程包装到一个 Rcpp 调用中，以便在 R 中使用该函数。目标是将该函数合并到一个包中，因此仅在特定 *.so 文件上使用 dyn.load() 的想法是不可行的(除非有人可以告诉我怎么做？)。通过阅读类似的帖子，我怀疑在 makevars 文件中指定标志可能会解决问题，但提供的信息非常简洁 here并真诚地感谢一些澄清。

我已尽可能接近文档完成以下操作。

  1. 使用 Rcpp.package.skeleton 创建包结构
  2. 将我的 fortran 文件 (hello.f) 放在 src 目录中
  3. 为 Rcpp 包装器 (hello.cpp) 创建了一个基本的 cpp 文件
  4. 创建一个 R 文件以创建一个“干净”的函数调用(即避免为用户调用 .Call 并允许在 .Call 之前运行其他内部计算)

但是，当我尝试构建我的包(使用 RStudio)时，我得到以下错误输出:

==> R CMD INSTALL --no-multiarch --with-keep.source fortran

g++ -shared -o fortran.so RcppExports.o hello.o hello.o rcpp_hello_world.o -lgfortran -lm -lquadmath -L/usr/lib/R/lib -lR
* installing to library ‘/home/.../R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0’
* installing *source* package ‘fortran’ ...
** libs
hello.o: In function `hello_wrapper':
/home/.../r_code/fortran/src/hello.cpp:16: multiple definition of `hello_wrapper'
hello.o:/home/.../r_code/fortran/src/hello.cpp:16: first defined here
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [fortran.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘fortran’
* removing ‘/home/.../R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/fortran’

Exited with status 1.

我的文件如下:

你好.f

subroutine hello()
    print *, "hello world"
end subroutine hello

你好.h

extern "C"
{
  void hello();
}

你好.cpp

#include <R.h>
#include <Rinternals.h>
#include <Rdefines.h>

#include "hello.h"

#ifdef __cplusplus
extern "C"
{
  SEXP hello_wrapper();
}
#endif

SEXP
hello_wrapper ()
{
  hello();
}

wrapper.R

hello_r <- function(){
  .Call("hello_wrapper");
}

最佳答案

我相信这个问题很简单，就像当您包含名称名称具有不同扩展名的多个文件时 R 不高兴一样。尝试将 hello.f 重命名为 hello_fortran.f 并从那里开始。

关于c++ - 在 Rcpp 中包装一个 Fortran 函数，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/26594760/

中包amphellocodefortranc++rrstudiorcpp

有关c++ - 在 Rcpp 中包装一个 Fortran 函数的更多相关文章

  1. ruby - 使用 Vim Rails，您可以创建一个新的迁移文件并一次性打开它吗？ - 2

    使用带有Rails插件的vim，您可以创建一个迁移文件，然后一次性打开该文件吗？textmate也可以这样吗？ 最佳答案 你可以使用rails.vim然后做类似的事情::Rgeneratemigratonadd_foo_to_bar插件将打开迁移生成的文件，这正是您想要的。我不能代表textmate。 关于ruby-使用VimRails，您可以创建一个新的迁移文件并一次性打开它吗？，我们在StackOverflow上找到一个类似的问题： https://sta

  2. ruby-on-rails - Rails - 一个 View 中的多个模型 - 2

    我需要从一个View访问多个模型。以前，我的links_controller仅用于提供以不同方式排序的链接资源。现在我想包括一个部分(我假设)显示按分数排序的顶级用户(@users=User.all.sort_by(&:score))我知道我可以将此代码插入每个链接操作并从View访问它，但这似乎不是“ruby方式”，我将需要在不久的将来访问更多模型。这可能会变得很脏，是否有针对这种情况的任何技术？注意事项:我认为我的应用程序正朝着单一格式和动态页面内容的方向发展，本质上是一个典型的网络应用程序。我知道before_filter但考虑到我希望应用程序进入的方向，这似乎很麻烦。最终从任何

  3. ruby-on-rails - 渲染另一个 Controller 的 View - 2

    我想要做的是有2个不同的Controller，client和test_client。客户端Controller已经构建，我想创建一个test_clientController，我可以使用它来玩弄客户端的UI并根据需要进行调整。我主要是想绕过我在客户端中内置的验证及其对加载数据的管理Controller的依赖。所以我希望test_clientController加载示例数据集，然后呈现客户端Controller的索引View，以便我可以调整客户端UI。就是这样。我在test_clients索引方法中试过这个:classTestClientdefindexrender:template=>

  4. ruby-on-rails - 如何优雅地重启 thin + nginx？ - 2

    我的瘦服务器配置了nginx，我的ROR应用程序正在它们上运行。在我发布代码更新时运行thinrestart会给我的应用程序带来一些停机时间。我试图弄清楚如何优雅地重启正在运行的Thin实例，但找不到好的解决方案。有没有人能做到这一点？ 最佳答案 #Restartjustthethinserverdescribedbythatconfigsudothin-C/etc/thin/mysite.ymlrestartNginx将继续运行并代理请求。如果您将Nginx设置为使用多个上游服务器，例如server{listen80;server

  5. ruby - 在没有 sass 引擎的情况下使用 sass 颜色函数 - 2

    我想在一个没有Sass引擎的类中使用Sass颜色函数。我已经在项目中使用了sassgem，所以我认为搭载会像以下一样简单:classRectangleincludeSass::Script::FunctionsdefcolorSass::Script::Color.new([0x82,0x39,0x06])enddefrender#hamlengineexecutedwithcontextofself#sothatwithintemlateicouldcall#%stop{offset:'0%',stop:{color:lighten(color)}}endend更新:参见上面的#re

  6. ruby-on-rails - 如果 Object::try 被发送到一个 nil 对象，为什么它会起作用？ - 2

    如果您尝试在Ruby中的nil对象上调用方法，则会出现NoMethodError异常并显示消息:"undefinedmethod‘...’fornil:NilClass"然而，有一个tryRails中的方法，如果它被发送到一个nil对象，它只返回nil:require'rubygems'require'active_support/all'nil.try(:nonexisting_method)#noNoMethodErrorexceptionanymore那么try如何在内部工作以防止该异常？ 最佳答案 像Ruby中的所有其他对象

  7. ruby - 为什么 SecureRandom.uuid 创建一个唯一的字符串？ - 2

    关闭。这个问题需要detailsorclarity.它目前不接受答案。想改进这个问题吗？通过editingthispost添加细节并澄清问题.关闭8年前。Improvethisquestion为什么SecureRandom.uuid创建一个唯一的字符串？SecureRandom.uuid#=>"35cb4e30-54e1-49f9-b5ce-4134799eb2c0"SecureRandom.uuid方法创建的字符串从不重复？

  8. ruby-on-rails - 在 ruby​​ 中使用 gsub 函数替换单词 - 2

    我正在尝试用ruby​​中的gsub函数替换字符串中的某些单词，但有时效果很好，在某些情况下会出现此错误？这种格式有什么问题吗NoMethodError(undefinedmethod`gsub!'fornil:NilClass):模型.rbclassTest"replacethisID1",WAY=>"replacethisID2andID3",DELTA=>"replacethisID4"}end另一个模型.rbclassCheck 最佳答案 啊，我找到了!gsub!是一个非常奇怪的方法。首先，它替换了字符串，所以它实际上修改了

  9. ruby - 在 Ruby 中有条件地定义函数 - 2

    我有一些代码在几个不同的位置之一运行:作为具有调试输出的命令行工具，作为不接受任何输出的更大程序的一部分，以及在Rails环境中。有时我需要根据代码的位置对代码进行细微的更改，我意识到以下样式似乎可行:print"Testingnestedfunctionsdefined\n"CLI=trueifCLIdeftest_printprint"CommandLineVersion\n"endelsedeftest_printprint"ReleaseVersion\n"endendtest_print()这导致:TestingnestedfunctionsdefinedCommandLin

  10. ruby-on-rails - Rails - 从另一个模型中创建一个模型的实例 - 2

    我有一个正在构建的应用程序，我需要一个模型来创建另一个模型的实例。我希望每辆车都有4个轮胎。汽车模型classCar轮胎模型classTire但是，在make_tires内部有一个错误，如果我为Tire尝试它，则没有用于创建或新建的activerecord方法。当我检查轮胎时，它没有这些方法。我该如何补救？错误是这样的:未定义的方法'create'forActiveRecord::AttributeMethods::Serialization::Tire::Module我测试了两个环境:测试和开发，它们都因相同的错误而失败。 最佳答案

随机推荐