我的代码(遗传优化算法的一部分)并行运行几个进程,等待所有进程完成,读取输出,然后用不同的输入重复。当我重复测试 60 次时,一切正常。由于它有效,我决定使用更实际的重复次数 200。我收到此错误:
File "/usr/lib/python2.7/threading.py", line 551, in __bootstrap_inner
self.run()
File "/usr/lib/python2.7/threading.py", line 504, in run
self.__target(*self.__args, **self.__kwargs)
File "/usr/lib/python2.7/multiprocessing/pool.py", line 302, in _handle_workers
pool._maintain_pool()
File "/usr/lib/python2.7/multiprocessing/pool.py", line 206, in _maintain_pool
self._repopulate_pool()
File "/usr/lib/python2.7/multiprocessing/pool.py", line 199, in _repopulate_pool
w.start()
File "/usr/lib/python2.7/multiprocessing/process.py", line 130, in start
self._popen = Popen(self)
File "/usr/lib/python2.7/multiprocessing/forking.py", line 120, in __init__
self.pid = os.fork()
OSError: [Errno 12] Cannot allocate memory
这是我使用池的代码片段:
def RunMany(inputs):
from multiprocessing import cpu_count, Pool
proc=inputs[0]
pool=Pool(processes = proc)
results=[]
for arg1 in inputs[1]:
for arg2 in inputs[2]:
for arg3 in inputs[3]:
results.append(pool.apply_async(RunOne, args=(arg1, arg2, arg3)))
casenum=0
datadict=dict()
for p in results:
#get results of simulation once it has finished
datadict[casenum]=p.get()
casenum+=1
return datadict
RunOne 函数在我创建的类中创建一个对象,使用计算量大的 python 包来解决一个大约需要 30 秒的化学问题,并返回带有化学求解器输出的对象。
因此,我的代码串行调用 RunMany,然后 RunMany 并行调用 RunOne。在我的测试中,我调用了 RunOne 使用 10 个处理器(计算机有 16 个)和一个包含 20 个 RunOne 调用的池。换句话说,len(arg1)*len(arg2)*len(arg3)=20。当我的代码调用 RunMany 60 次时一切正常,但是当我调用它 200 次时内存不足。
这是否意味着某些进程没有正确清理自身?我有内存泄漏吗?如何确定是否存在内存泄漏,以及如何找出泄漏的原因?在我的 200 次重复循环中唯一增长的项目是从 0 大小增长到 200 长度的数字列表。我有一个来 self 构建的自定义类的对象字典,但它的长度上限50 个条目 - 每次循环执行时,它都会从字典中删除一个项目并将其替换为另一个项目。
编辑:这是调用 RunMany 的代码片段
for run in range(nruns):
#create inputs object for RunMany using genetic methods.
#Either use starting "population" or create "child" inputs from successful previous runs
datadict = RunMany(inputs)
sumsquare=0
for i in range(len(datadictsenk)): #input condition
sumsquare+=Compare(datadict[i],Target[i]) #compare result to target
with open(os.path.join(mainpath,'Outputs','output.txt'),'a') as f:
f.write('\t'.join([str(x) for x in [inputs.name, sumsquare]])+'\n')
Objective.append(sumsquare) #add sum of squares to list, to be plotted outside of loop
population[inputs]=sumsquare #add/update the model in the "population", using the inputs object as a key, and it's objective function as the value
if len(population)>initialpopulation:
population = PopulationReduction(population) #reduce the "population" by "killing" unfit "genes"
avgtime=(datetime.datetime.now()-starttime2)//(run+1)
remaining=(nruns-run-1)*avgtime
print(' Finished '+str(run+1)+' / ' +str(nruns)+'. Elapsed: '+str(datetime.datetime.now().replace(microsecond=0)-starttime)+' Remaining: '+str(remaining)+' Finish at '+str((datetime.datetime.now()+remaining).replace(microsecond=0))+'~~~', end="\r")
最佳答案
如我问题的评论所示,答案来自 Puciek。
解决方案是在完成后关闭进程池。我认为它会自动关闭,因为 results 变量是 RunMany 的本地变量,并且会在 RunMany 完成后被删除。然而,python 并不总是按预期工作。
固定代码为:
def RunMany(inputs):
from multiprocessing import cpu_count, Pool
proc=inputs[0]
pool=Pool(processes = proc)
results=[]
for arg1 in inputs[1]:
for arg2 in inputs[2]:
for arg3 in inputs[3]:
results.append(pool.apply_async(RunOne, args=(arg1, arg2, arg3)))
#new section
pool.close()
pool.join()
#end new section
casenum=0
datadict=dict()
for p in results:
#get results of simulation once it has finished
datadict[casenum]=p.get()
casenum+=1
return datadict
关于Python 无法使用 multiprocessing.pool 分配内存,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/26717120/
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