直截了当的问题:我想检索连接到 NetworkX 图中给定节点的所有节点，以便创建子图。在下面显示的示例中，我只想提取圆圈内的所有节点，给出其中任何一个的名称。
我尝试了以下递归函数，但达到了 Python 的递归限制，即使该网络中只有 91 个节点。
无论下面的代码是否有错误，实现我想要实现的目标的最佳方法是什么？我将在各种大小的图上运行此代码，并且事先不知道最大递归深度是多少。
def fetch_connected_nodes(node, neighbors_list):
for neighbor in assembly.neighbors(node):
print(neighbor)
if len(assembly.neighbors(neighbor)) == 1:
neighbors_list.append(neighbor)
return neighbors_list
else:
neighbors_list.append(neighbor)
fetch_connected_nodes(neighbor, neighbors_list)
neighbors = []
starting_node = 'NODE_1_length_6578_cov_450.665_ID_16281'
connected_nodes = fetch_connected_nodes(starting_node, neighbors)
最佳答案
假设图是无向的，为此有一个内置的 networkx 命令:
node_connected_component(G, n)
文档是here .它返回包含 n 的 G 的连通分量中的所有节点。
它不是递归的，但我认为您实际上不需要甚至不想要它。
对您的代码的评论:您有一个错误，该错误通常会导致无限递归。如果 u 和 v 都是度数至少为 2 的邻居，那么它将以 u 开始，放入 v在列表中，在处理 v 时将 u 放入列表中并不断重复。它需要更改为仅处理不在 neighbors_list 中的邻居。检查它很昂贵，因此请改用集合。如果起始节点的度数为 1，也会出现一个小问题。您对度数 1 的测试不会满足您的要求。如果初始节点的度数为1，但其邻居的度数更高，则不会找到邻居的邻居。
这是对您的代码的修改:
def fetch_connected_nodes(G, node, seen = None):
if seen == None:
seen = set([node])
for neighbor in G.neighbors(node):
print(neighbor)
if neighbor not in seen:
seen.add(neighbor)
fetch_connected_nodes(G, neighbor, seen)
return seen
您可以像 fetch_connected_nodes(assembly, starting_node) 那样调用它。
关于python - 获取 NetworkX 图中的连接节点，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/33088008/
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