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Python、NetCDF4 和 HDF5

coder 2023-08-21 原文

我不知道为什么安装这些包总是那么痛苦。我使用 NetCDF/HDF5 已经很长时间了，无论是在 Linux 还是 OSX 上，无论是 C、C++ 还是现在的 python，让它们正确安装或运行一直是一次纯粹的恐怖之旅。 netcdf4 和 hdf5 之间的简单依赖关系是许多人痛苦的根源，我真的希望这些软件包的开发人员最终能对此做 pip 什么。

所以，我面临的最新具体问题是:我正在尝试为 python 安装 netCDF4。我收到以下错误:

Package hdf5 was not found in the pkg-config search path
Perhaps you should add the directory containing `hdf5.pc'

我尝试使用 apt-get 安装 hdf5 包，包括:

  • libhdf5-serial-dev
  • libhdf5-serial
  • libhdf5-7
  • python-h5py
  • libhdf5-dev
  • hdf5-工具
  • hdf5-helpers
  • libhdf5-7-dbg

使用 pip，我试过:

pip install h5py

它悲惨地未能解决对 Cython 的依赖，然后我手动安装了它。之后它安装了(显然)但我无法在任何地方找到文件 hdf5.pc 。

我在这里拉扯我的头发。任何人都知道如何解决这个问题？

最佳答案

当您混合分发包和自建包时，会增加出现问题的可能性(正如您所发现的那样)。

还有，你想要h5py还是netcdf-python？我认为 netcdf-python 不依赖于 h5py。相反，netcdf-python 绑定(bind)到 C netcdf 库，后者又依赖于 C HDF5 库。

h5py 同样与 C HDF5 结合

确实涉及到很多软件。一步一步地工作，最终会变得更有意义(已经做了 15 年的人说……它变得更容易了!)

  1. 如果您要进行任何并行编程，则需要 MPI 实现
  2. HDF5 现在为 NetCDF4 提供了基础。如果您想要并行编程，请针对您的 MPI 实现构建 HDF5。
  3. 安装NetCDF4的C库
  4. 现在 python 绑定(bind)可以从 NetCDF4、HDF5 和 MPI 中获取他们需要的东西

是的，需要配置和构建大量软件。 pkg-config 在这里可以帮上大忙!当您看到 Package hdf5 was not found in the pkg-config search path 时，这意味着您应该调整您的 PKG_CONFIG_DIR 以指向 package-config 文件的位置。不幸的是，hdf5 不提供 .pc(package-config)文件，因此您必须手动完成该部分。哦，netcdf 也不提供 pkg-config:它提供了 netcdf-python 将使用的脚本 nc-config。

举个具体的例子:

  • MPICH-master 安装在 /home/robl/soft/mpich-master
  • HDF5 安装在 /home/robl/soft/hdf5-1.8.16
    • 例如配置为 ../../hdf5-1.8.16/configure --prefix=/home/robl/work/soft/hdf5-1.8.16 CC=/home/robl/work/soft/mpich/bin/mpicc --enable-parallel
  • NetCDF4 安装在 /home/robl/soft/netcdf-master
    • 例如配置为 ./configure CC=${HOME}/work/soft/mpich/bin/mpicc --prefix=${HOME}/work/soft/netcdf-master CPPFLAGS=-I${HOME}/work/soft/hdf5-1.8.16/include LDFLAGS=-L${HOME}/work/soft/hdf5-1.8.16/lib

现在你已经具备了 netcdf-python 的所有先决条件

顺便说一句，http://unidata.github.io/netcdf4-python/列出先决条件和必要的配置选项

不要对 hdf5.pc 吹毛求疵。如果您的路径中有 nc-config，它将提供所需的信息。

如果您正在构建并行编程，请将 CC 设置为您的 MPI 编译器。如果没有，您可以跳过“export CC=...”步骤:

cd netcdf-python
export CC=${HOME}/work/soft/mpich/bin/mpicc
export PATH=${HOME}/work/soft/netcdf-master/bin:${PATH}
python setup.py build

关于Python、NetCDF4 和 HDF5，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/36265426/

NetCDF4Pythoncodenetcdflipython-2.7piphdf5

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