我有一个 Newick通过比较 4-9 bp 长 DNA 序列的假定 DNA 调节基序的位置权重矩阵(PWM 或 PSSM)的相似性(欧氏距离)构建的树。
树的交互式版本在 iTol ( here ) 上，您可以自由使用它 - 只需在设置参数后按“更新树”:
我的具体目标:如果它们到最近的父进化枝的平均距离小于 X ( ETE2 Python package )，则将图案(尖端/终端节点/叶子)折叠在一起。这在生物学上很有趣，因为一些基因调节 DNA 基序可能彼此同源(旁系同源物或直系同源物)。这种折叠可以通过上面链接的 iTol GUI 完成，例如如果您选择 X = 0.001，那么一些图案会折叠成三角形(图案系列)。
我的问题:有人可以建议一种算法来输出或帮助可视化哪个 X 值适合“最大化折叠基序的生物学或统计相关性”吗？理想情况下，当针对 X 绘制时，树的某些属性会有一些明显的阶跃变化，这向算法建议一个合理的 X。是否有任何已知的算法/脚本/包？也许代码会根据 X 的值绘制一些统计数据？我尝试绘制 X 与平均簇大小 (matplotlib) 的关系图，但我没有看到明显的“步长增加”来告诉我要使用哪个 X 值:
我的代码和数据:我的 Python 脚本的链接在 [此处][8]，我对其进行了大量评论，它将生成树数据并为您绘制上面的图(使用参数d_from、d_to 和 d_step 探索距离截止点 X)。如果您有 easy-install 和 Python，您将需要通过简单地执行这两个 bash 命令来安装 ete2:
apt-get install python-setuptools python-numpy python-qt4 python-scipy python-mysqldb python-lxml
easy_install -U ete2
最佳答案
您可以尝试使用类似于 @Jeff 提到的树协调的方法。但标准的树协调实际上会失败。
协调涉及首先添加代表整个目标树进化特征“损失”的分支。然后指示发生进化特征“重复”的节点。损失和重复的加权总和提供了要优化的成本函数。
但在您的情况下，您要解决的问题是“将这棵 super 树分解为大小合适的直系同源子树”。这意味着你真的不想像重复一样多地得分。您想要一种对树进行评分的方法，以揭示有多少直系同源子树被合并到您的 super 树中。因此，您可以尝试这种评分方法:
如果我们将此分数称为“子树因子”，则它等于:
S1 - S2/N
推论:
如果 S1 - S2 = S1 那么这意味着您的 super 树中大约有一个真正的子树，所有多个物种的出现都只是由于最近的旁系同源。
如果 S1 - S2 = 0 那么这意味着您的 super 树中大约有 S1 个真正的子树。
关于python - 决定折叠这棵树的截止点的算法？，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/23346837/
关闭。这个问题是opinion-based.它目前不接受答案。想要改进这个问题？更新问题，以便editingthispost可以用事实和引用来回答它.关闭4年前。Improvethisquestion我想在固定时间创建一系列低音和高音调的哔哔声。例如:在150毫秒时发出高音调的蜂鸣声在151毫秒时发出低音调的蜂鸣声200毫秒时发出低音调的蜂鸣声250毫秒的高音调蜂鸣声有没有办法在Ruby或Python中做到这一点？我真的不在乎输出编码是什么(.wav、.mp3、.ogg等等)，但我确实想创建一个输出文件。
这个问题在这里已经有了答案:关闭10年前。PossibleDuplicate:Pythonconditionalassignmentoperator对于这样一个简单的问题表示歉意，但是谷歌搜索||=并不是很有帮助；)Python中是否有与Ruby和Perl中的||=语句等效的语句？例如:foo="hey"foo||="what"#assignfooifit'sundefined#fooisstill"hey"bar||="yeah"#baris"yeah"另外，类似这样的东西的通用术语是什么？条件分配是我的第一个猜测，但Wikipediapage跟我想的不太一样。
什么是ruby的rack或python的Java的wsgi？还有一个路由库。 最佳答案 来自Python标准PEP333:Bycontrast,althoughJavahasjustasmanywebapplicationframeworksavailable,Java's"servlet"APImakesitpossibleforapplicationswrittenwithanyJavawebapplicationframeworktoruninanywebserverthatsupportstheservletAPI.ht
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