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关于并行处理：尝试使用 R 创建集群时出错(Rscript 执行错误：没有这样的文件或目录)

codeneng 2023-03-28 原文

Error when trying to make cluster using R (Rscript execution error: No such file or directory)

您好，感谢您抽出宝贵时间。
我收到错误：

cl <- parallel::makeCluster(2) Rscript execution error: No such file or directory

每当我尝试使用包"parallel"创建集群时。其他命令(例如 detectCores() 有效，但 makeCluster()
失败。我已经重新安装了 R 和 Rstudio，我不认为问题出在安装上。

R 版本 3.6.2 (2019-12-12)
平台：x86_64-pc-linux-gnu(64位)
运行于：Ubuntu 18.04.3 LTS

任何帮助将不胜感激。

更新：
如果我在终端中运行 Rscript，我会收到类似的错误，但如果我使用 sudo Rscript，错误就会消失。例如： Rscript helloworld.r 给我错误 Rscript execution error: No such file or directory, but sudo Rscript helloworld.r works。 (helloworld.r 是一个打印 hello world 的 R 脚本。)

提前致谢。

  • 我怀疑你的 shell 启动脚本中发生了一些有趣的事情，例如~/.bashrc。尝试使用 cl <- future::makeClusterPSOCK(2, verbose = TRUE) 进行故障排除。它的工作方式与 parallel::makeCluster() 非常相似，但提供了更详细的输出。返回的集群也与并行返回的内容 100% 兼容。
  • 我也会尝试在普通的 R 会话中，例如R 在终端中。这样你就可以排除 RStudio。
  • 我确实在终端中尝试了 R，但没有使用 RStudio，并且错误一直存在。我已经更新了这个问题。我注意到 Rscript 作为"sudo"命令工作，我不确定为什么会这样以及如何修复它。
  • 所以，如果我理解正确的话，它与并行包无关，问题是你不能在不使用 sudo 的情况下运行简单的 Rscript helloworld.r？如果是这样，哇，你的 R 设置有些混乱。 Rscript --version 有效吗？ Rscript -e 1+2 呢？也试试 Rscript --vanilla helloworld.r。
  • 你说对了！它搞砸了！我不知道问题是如何出现的，因为它突然停止工作。我一直在重新安装一切！ Rscript --version R 脚本前端版本 3.6.2 (2019-12-12) 但其余命令不起作用！
  • 如果 Rscript --vanilla -e 1+2 不起作用，那么我预计 R --vanilla -e 1+2 也会失败。正确的？如果是这样，那么我看不出在 R 中有什么对你有用的东西，即启动 R 也应该失败。
  • R --vanilla -e 1 2 有效，但 Rscript --vanilla -e 1 2 无效。
  • 嗯... which R 和 which Rscript 给出了什么？听起来他们不是同一个版本。
  • /usr/bin/R /usr/bin/Rscript
  • 嗯...看起来您的 R 安装已损坏。也许有一些杀毒软件导致冲突。 FWIW，这些文件在我的 Ubuntu 18.04 R 3.6.2 安装中是这样的：ls -l"$(which Rscript)" => -rwxr-xr-x 1 root root 14344 Dec 13 08:46 /usr/bin/Rscript 和 ls -l"$(which R)" => -rwxr-xr-x 1 root root 8812 Dec 13 08:46 /usr/bin/R。我想我没有什么可以帮助你的了。
  • 谢谢大家的帮助。这是我从您使用的命令中得到的：-rwxr-xr-x 1 root root 14344 Dec 13 11:46 /usr/bin/Rscript 和 -rwxr-xr-x 1 root root 8812 Dec 13 11:46 /usr /bin/R

我使用 3.6.1 版本的 R 在此处输入图像描述

尝试降级r版本

  • 这个问题不太可能是 R 3.6.2 特有的，所以我怀疑降级会解决它。可能会重新安装。

时出Rscriptsectionwynparallel-processingrrscriptubuntu-18.04

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