jjzjj

python - 从 python 运行 R 脚本

coder 2023-05-23 原文

我搜索了这个问题并找到了一些答案，但它们似乎都不起作用。这是我在 python 中用来运行我的 R 脚本的脚本。

import subprocess
retcode = subprocess.call("/usr/bin/Rscript --vanilla -e 'source(\"/pathto/MyrScript.r\")'", shell=True)

我得到这个错误:

Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  : 
  no lines available in input
Calls: source ... withVisible -> eval -> eval -> read.csv -> read.table
Execution halted

这是我的 R 脚本的内容(很简单!)

data = read.csv('features.csv')
data1 = read.csv("BagofWords.csv")
merged = merge(data,data1)
write.table(merged, "merged.csv",quote=FALSE,sep=",",row.names=FALSE)
for (i in 1:length(merged$fileName))
{
        fileConn<-file(paste("output/",toString(merged$fileName[i]),".txt",sep=""))
        writeLines((toString(merged$BagofWord[i])),fileConn)
        close(fileConn)
}

当我在 r 命令行中使用 source('MyrScript.r') 时，r 脚本工作正常。此外，当我尝试使用传递给 subprocess.call 函数的确切命令时(即 /usr/bin/Rscript --vanilla -e 'source("/pathto/MyrScript.r")') 在我的命令行中可以找到，我真的不明白有什么问题。

最佳答案

我不会太相信 Rscript 调用中的 source 因为您可能不完全了解您在哪里运行不同的 nested R session 。该过程可能会因为一些简单的事情而失败，例如您的工作目录不是您想的那样。

Rscript 让您可以直接运行脚本(如果您使用的是 Linux，请参阅 man Rscript)。

那你可以直接做:

subprocess.call ("/usr/bin/Rscript --vanilla /pathto/MyrScript.r", shell=True)

或更好地将 Rscript 命令及其参数解析为列表

subprocess.call (["/usr/bin/Rscript", "--vanilla", "/pathto/MyrScript.r"])

另外，为了让事情变得更简单，您可以创建一个 R 可执行文件。为此，您只需在脚本的第一行添加:

#! /usr/bin/Rscript

并赋予它执行权。见 here为细节。

然后您就可以像调用任何其他 shell 命令或脚本一样执行您的 python 调用:

subprocess.call ("/pathto/MyrScript.r")

关于python - 从 python 运行 R 脚本，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/19894365/

python从code34Rscriptr

有关python - 从 python 运行 R 脚本的更多相关文章

  1. ruby - 如何从 ruby​​ 中的字符串运行任意对象方法？ - 2

    总的来说，我对ruby​​还比较陌生，我正在为我正在创建的对象编写一些rspec测试用例。许多测试用例都非常基础，我只是想确保正确填充和返回值。我想知道是否有办法使用循环结构来执行此操作。不必为我要测试的每个方法都设置一个assertEquals。例如:describeitem,"TestingtheItem"doit"willhaveanullvaluetostart"doitem=Item.new#HereIcoulddotheitem.name.shouldbe_nil#thenIcoulddoitem.category.shouldbe_nilendend但我想要一些方法来使用

  2. python - 如何使用 Ruby 或 Python 创建一系列高音调和低音调的蜂鸣声？ - 2

    关闭。这个问题是opinion-based.它目前不接受答案。想要改进这个问题？更新问题，以便editingthispost可以用事实和引用来回答它.关闭4年前。Improvethisquestion我想在固定时间创建一系列低音和高音调的哔哔声。例如:在150毫秒时发出高音调的蜂鸣声在151毫秒时发出低音调的蜂鸣声200毫秒时发出低音调的蜂鸣声250毫秒的高音调蜂鸣声有没有办法在Ruby或Python中做到这一点？我真的不在乎输出编码是什么(.wav、.mp3、.ogg等等)，但我确实想创建一个输出文件。

  3. ruby - 如何将脚本文件的末尾读取为数据文件(Perl 或任何其他语言) - 2

    我正在寻找执行以下操作的正确语法(在Perl、Shell或Ruby中):#variabletoaccessthedatalinesappendedasafileEND_OF_SCRIPT_MARKERrawdatastartshereanditcontinues. 最佳答案 Perl用__DATA__做这个:#!/usr/bin/perlusestrict;usewarnings;while(){print;}__DATA__Texttoprintgoeshere 关于ruby-如何将脚

  4. ruby - 如何每月在 Heroku 运行一次 Scheduler 插件？ - 2

    在选择我想要运行操作的频率时，唯一的选项是“每天”、“每小时”和“每10分钟”。谢谢!我想为我的Rails3.1应用程序运行调度程序。 最佳答案 这不是一个优雅的解决方案，但您可以安排它每天运行，并在实际开始工作之前检查日期是否为当月的第一天。 关于ruby-如何每月在Heroku运行一次Scheduler插件？，我们在StackOverflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/8692687/

  5. ruby-on-rails - 如何在 ruby​​ 中使用两个参数异步运行 exe？ - 2

    exe应该在我打开页面时运行。异步进程需要运行。有什么方法可以在ruby​​中使用两个参数异步运行exe吗？我已经尝试过ruby​​命令-system()、exec()但它正在等待过程完成。我需要用参数启动exe，无需等待进程完成是否有任何ruby​​gems会支持我的问题？ 最佳答案 您可以使用Process.spawn和Process.wait2:pid=Process.spawn'your.exe','--option'#Later...pid,status=Process.wait2pid您的程序将作为解释器的子进程执行。除

  6. ruby - 无法运行 Rails 2.x 应用程序 - 2

    我尝试运行2.x应用程序。我使用rvm并为此应用程序设置其他版本的ruby​​:$rvmuseree-1.8.7-head我尝试运行服务器，然后出现很多错误:$script/serverNOTE:Gem.source_indexisdeprecated,useSpecification.Itwillberemovedonorafter2011-11-01.Gem.source_indexcalledfrom/Users/serg/rails_projects_terminal/work_proj/spohelp/config/../vendor/rails/railties/lib/r

  7. ruby-on-rails - 独立 ruby​​ 脚本的配置文件 - 2

    我有一个在Linux服务器上运行的ruby​​脚本。它不使用rails或任何东西。它基本上是一个命令行ruby​​脚本，可以像这样传递参数:./ruby_script.rbarg1arg2如何将参数抽象到配置文件(例如yaml文件或其他文件)中？您能否举例说明如何做到这一点？提前谢谢你。 最佳答案 首先，您可以运行一个写入YAML配置文件的独立脚本:require"yaml"File.write("path_to_yaml_file",[arg1,arg2].to_yaml)然后，在您的应用中阅读它:require"yaml"arg

  8. ruby - Sinatra:运行 rspec 测试时记录噪音 - 2

    Sinatra新手；我正在运行一些rspec测试，但在日志中收到了一堆不需要的噪音。如何消除日志中过多的噪音？我仔细检查了环境是否设置为:test，这意味着记录器级别应设置为WARN而不是DEBUG。spec_helper:require"./app"require"sinatra"require"rspec"require"rack/test"require"database_cleaner"require"factory_girl"set:environment,:testFactoryGirl.definition_file_paths=%w{./factories./test/

  9. ruby-on-rails - 无法让 rspec、spork 和调试器正常运行 - 2

    GivenIamadumbprogrammerandIamusingrspecandIamusingsporkandIwanttodebug...mmm...let'ssaaay,aspecforPhone.那么，我应该把“require'ruby-debug'”行放在哪里，以便在phone_spec.rb的特定点停止处理？(我所要求的只是一个大而粗的箭头，即使是一个有挑战性的程序员也能看到:-3)我已经尝试了很多位置，除非我没有正确测试它们，否则会发生一些奇怪的事情:在spec_helper.rb中的以下位置:require'rubygems'require'spork'

  10. ruby-on-rails - before_filter 运行多个方法 - 2

    是否有可能:before_filter:authenticate_user!||:authenticate_admin! 最佳答案 before_filter:do_authenticationdefdo_authenticationauthenticate_user!||authenticate_admin!end 关于ruby-on-rails-before_filter运行多个方法，我们在StackOverflow上找到一个类似的问题： https://

随机推荐