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使用 subprocess.Popen 的 Python 内存分配错误

coder 2023-08-23 原文

我正在做一些生物信息学工作。我有一个 python 脚本，它有时会调用一个程序来执行一个昂贵的过程(序列对齐……使用大量的计算能力和内存)。我使用 subprocess.Popen 调用它。当我在测试用例上运行它时，它完成并完成得很好。但是，当我在完整文件上运行它时，它必须对不同的输入集执行多次，它就死了。子进程抛出:

OSError: [Errno 12] Cannot allocate memory

我找到了几个链接 here和 here和 here类似的问题，但我不确定它们是否适用于我的情况。

默认情况下，序列比对器会尝试申请 51000M 的内存。它并不总是使用那么多，但它可能会。加载和处理完整的输入后，就没有那么多了。但是，将它请求的数量上限或将尝试使用的数量限制在运行时可能可用的较低数量仍然会给我同样的错误。我也试过使用 shell=True 和同样的东西运行。

这几天一直困扰着我。感谢您的帮助。

编辑:扩展回溯:

File "..../python2.6/subprocess.py", line 1037, in _execute_child
    self.pid=os.fork()
OSError: [Errno 12] Cannot allocate memory

抛出错误。

Edit2:在 64 位 ubuntu 10.4 上运行 python 2.6.4

最佳答案

我真的为 OP 感到难过。 6 年后，没有人提到这是 Unix 中非常普遍的问题，实际上与 python 或生物信息学无关。对 os.fork() 的调用暂时使父进程的内存翻倍(父进程的内存必须可供子进程使用)，然后将其全部丢弃以执行 exec()。虽然这个内存并不总是实际复制，但系统必须有足够的内存来允许它被复制，因此如果你的父进程使用了​​超过一半的系统内存并且你子进程甚至“wc -l "，您将遇到内存错误。

解决方案是使用 posix_spawn，或者在脚本的开头创建所有子进程，同时内存消耗较低，然后在父进程完成内存密集型操作后使用它们。

使用关键字“os.fork”和“memory”的谷歌搜索将显示关于该主题的几个 Stack Overflow 帖子，可以进一步解释发生了什么:)

关于使用 subprocess.Popen 的 Python 内存分配错误，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/5306075/

subprocessPythonsectionstackoverflowmemory-management

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