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python - 当 grep 找不到匹配项时，使用 grep 命令的 subprocess.check_output 失败

coder 2023-08-25 原文

我正在尝试搜索一个文本文件并检索包含一组特定单词的行。这是我正在使用的代码:

tyrs = subprocess.check_output('grep "^A" %s | grep TYR' % pocket_location, shell = True).split('\n')

当文件至少包含 grep 识别的一行时，这会很好地工作。但是当 grep 没有识别任何行时，grep 返回退出状态 1 并且我收到以下错误:

Traceback (most recent call last):
  File "../../Python_scripts/cbs_wrapper2.py", line 324, in <module>
    tyrs = subprocess.check_output('grep "^ATOM" %s | grep TYR' % pocket_location, shell = True).split('\n')
  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/subprocess.py", line 544, in check_output
    raise CalledProcessError(retcode, cmd, output=output)
subprocess.CalledProcessError: Command 'grep "^ATOM" cbsPrediction_files/1u9c_clean/1u9c_clean_fpocket_out/pockets/pocket0_atm.pdb | grep TYR' returned non-zero exit status 1

如何避免这个问题？如果 grep 没有找到任何内容，我只希望 subprocess.check_output 返回一个空字符串。

谢谢

最佳答案

I just want subprocess.check_output to return an empty string if grep doesn't find anything.

好吧，太糟糕了。 grep认为没有匹配项是失败的，并且 check 在 check_output 中的整个点是检查失败，所以你明确要求以这种方式做事。以下是相关文档:

If the return code was non-zero it raises a CalledProcessError. The CalledProcessError object will have the return code in the returncode attribute and any output in the output attribute.

对于grep:

The following exit values shall be returned:
  0 One or more lines were selected.
  1 No lines were selected.
  >1 An error occurred.

因此，如果您想将“无行”视为成功，但将实际错误视为错误，则必须以不同于其他非零值的方式处理该 1 值。 check_output 并不知道您要这样做。

因此，您要么必须处理 CalledProcessError，要么必须自己进行检查。换句话说，要么:

try:
    tyrs = subprocess.check_output('grep "^A" %s | grep TYR' % pocket_location, shell = True).split('\n')
except subprocess.CalledProcessError as e:
    if e.returncode > 1:
        raise
    tyrs = []

……或者这个:

p = subprocess.Popen('grep "^A" %s | grep TYR' % pocket_location, shell=True,
                     stdout=subprocess.PIPE)
output, _ = p.communicate()
if p.returncode == 1: # no matches found 
    tyrs = []
elif p.returncode == 0: # matches found
    tyrs = output.split('\n')
else:
    # error, do something with it

关于python - 当 grep 找不到匹配项时，使用 grep 命令的 subprocess.check_output 失败，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/20983498/

grepcheck_outputcodesubprocessoutputpython

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