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xml - 由于 XML，R 不会停止获取内存/RAM

coder 2024-06-26 原文

我有一个如下所示的双循环问题是 R (2.15.2) 使用越来越多的内存，我不明白为什么。

虽然我知道这必须在内部循环中发生，因为我在那里做的 rbind()，但我不明白为什么 R 在外部循环的新循环时不断获取内存开始并且实际上对象('xmlCatcher')被重用:

# !!!BEWARE this example creates a lot of files (n=1000)!!!!

require(XML)

chunk <- function(x, chunksize){
        # source: http://stackoverflow.com/a/3321659/1144966
        x2 <- seq_along(x)
        split(x, ceiling(x2/chunksize))
    }

chunky <- chunk(paste("test",1:1000,".xml",sep=""),100)

for(i in 1:1000){
writeLines(c(paste('<?xml version="1.0"?>\n <note>\n    <to>Tove</to>\n    <nr>',i,'</nr>\n    <from>Jani</from>\n    <heading>Reminder</heading>\n    ',sep=""), paste(rep('<body>Do not forget me this weekend!</body>\n',sample(1:10, 1)),sep="" ) , ' </note>')
,paste("test",i,".xml",sep=""))
}

for(k in 1:length(chunky)){
gc()
print(chunky[[k]])
xmlCatcher <- NULL

for(i in 1:length(chunky[[k]])){
    filename    <- chunky[[k]][i]
    xml         <- xmlTreeParse(filename)
    xml         <- xmlRoot(xml)
    result      <- sapply(getNodeSet(xml,"//body"), xmlValue)
    id          <- sapply(getNodeSet(xml,"//nr"), xmlValue)
    dummy       <- cbind(id,result)
    xmlCatcher  <- rbind(xmlCatcher,dummy)
    }
save(xmlCatcher,file=paste("xmlCatcher",k,".RData"))
}

有人知道为什么会发生这种行为吗？请注意，所有对象(如“xmlCatcher”)在每个循环中都会重复使用，因此我假设使用的 RAM 在第一个“ block ”循环后应该保持大致相同。

  • 垃圾收集不会改变任何事情。
  • 不使用 rbind 不会改变任何事情。
  • 使用较少的 xml 函数实际上会减少内存占用 - 但为什么呢？

这是一个错误还是我遗漏了什么？

最佳答案

你对重用内存的理解是wong。

当您创建新的 DummyCatcher 时，旧的不再被引用，然后成为垃圾收集的候选者，这将在某个时候发生。

你不是在重用内存，你是在创建一个新的对象并抛弃旧的。

垃圾回收会释放内存。

此外，我建议您查看 Rprofmem 来分析您的内存使用情况。

关于xml - 由于 XML，R 不会停止获取内存/RAM，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/13986907/

xml34ltxmlCatcherrloops

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