jjzjj

scientific-computing

全部标签

python - 将大型 NumPy 数组写入文件的有效方法

我目前有一个在PiCloud上运行的项目,该项目涉及ODE求解器的多次迭代。每次迭代都会生成一个大约30行和1500列的NumPy数组,每次迭代都会附加到先前结果数组的底部。通常,我只是让函数返回这些相当大的数组,将它们保存在内存中并一次处理它们。异常(exception)PiCloud对函数可以输出和输出返回的数据大小有相当严格的限制,以降低传输成本。这很好,只是这意味着我必须启动数千个作业,每个作业都在迭代中运行,开销相当大。看起来最好的解决方案是将输出写入文件,然后使用他们拥有的另一个没有传输限制的函数收集文件。我最好的选择是将其转储到CSV文件中吗?我应该在每次迭代中添加到CS

【Vue2.x源码系列06】计算属性computed原理

上一章Vue2异步更新和nextTick原理,我们介绍了JavaScript执行机制是什么?nextTick源码是如何实现的?以及Vue是如何异步更新渲染的?本章目标计算属性是如何实现的?计算属性缓存原理-带有dirty属性的watcher洋葱模型的应用初始化在Vue初始化实例的过程中,如果用户options选项中存在计算属性时,则初始化计算属性//初始化状态exportfunctioninitState(vm){constopts=vm.$options//获取所有的选项//初始化数据if(opts.data){initData(vm)}//初始化计算属性if(opts.computed){

python - 使用 scipy、python、numpy 进行非线性 e^(-x) 回归

下面的代码为我提供了最佳拟合线的平线,而不是沿着适合数据的e^(-x)模型的漂亮曲线。谁能告诉我如何修复下面的代码以使其适合我的数据?importnumpyasnpimportmatplotlib.pyplotaspltimportscipy.optimizedef_eNegX_(p,x):x0,y0,c,k=py=(c*np.exp(-k*(x-x0)))+y0returnydef_eNegX_residuals(p,x,y):returny-_eNegX_(p,x)defGet_eNegX_Coefficients(x,y):print'xis:',xprint'yis:',y#C

python - 实现二阶导数的自动微分 : algorithm for traversing the computational graph?

我正在尝试实现automaticdifferentiation对于Python统计包(问题公式类似于优化问题公式)。计算图是使用运算符重载和用于sum()、exp()等操作的工厂函数生成的。我已经使用反向累加实现了梯度的自动微分。但是,我发现实现二阶导数(Hessian)的自动微分要困难得多。我知道如何进行单独的第二次局部梯度计算,但我很难想出一种智能的方法来遍历图形并进行累加。有谁知道为二阶导数提供自动微分算法的好文章或实现相同算法的开源库,我可能会尝试从中学习? 最佳答案 首先,您必须决定是要计算稀疏的Hessian矩阵还是更接

python - 面向对象的科学数据处理,如何将数据、分析和可视化巧妙地适配在对象中?

作为一名生物学本科生,我经常编写Python软件来进行一些数据分析。一般结构总是:有一些数据要加载,对(统计、聚类...)执行分析,然后可视化结果。有时对于同一个实验,数据可以采用不同的格式,您可以使用不同的方法来分析它们,并且可能有不同的可视化效果,这可能取决于所执行的分析,也可能不取决于所执行的分析。我正在努力寻找一种通用的“pythonic”和面向对象的方式来使其清晰且易于扩展。添加新类型的Action或对现有Action进行细微变化应该很容易,所以我非常相信我应该使用oop来做到这一点。我已经完成了一个Data对象,其中包含加载实验数据的方法。如果我有多个数据源,我计划创建继承

python - 过滤长时间序列Python的最有效方法

我有一个很大的时间序列,比如1e10,它是记录神经事件(即电压)的结果。在进行进一步分析之前,我想对300Hz和7000Hz之间的数据进行带通滤波。下面,我发布了我设计的Butterworth滤波器的代码。如何让这个过滤器更快?运行时间太长。更新:样本数据Here是指向数据的链接,例如data的每一行。关于格式,每一行代表不同的记录源,每一列代表一个时间点。数据以20,000Hz采样。defbutter_bandpass(lowcut,highcut,fs,order=8):nyq=0.5*fslow=lowcut/nyqhigh=highcut/nyqb,a=butter(order

python - dask:client.persist 和 client.compute 之间的区别

我对client.persist()和client.compute()之间的区别感到困惑(在某些情况下)似乎都开始了我的计算,并且两者返回异步对象,但不是在我的简单示例中:在这个例子中fromdask.distributedimportClientfromdaskimportdelayedclient=Client()deff(*args):returnargsresult=[delayed(f)(x)forxinrange(1000)]x1=client.compute(result)x2=client.persist(result)这里的x1和x2是不同的,但在一个不那么琐碎的计算

python - 快速 numpy addnan

我想添加数千个4D数组元素并考虑nans。一个使用一维数组的简单示例是:X=array([4,7,89,nan,89,65,nan])Y=array([0,5,4,9,8,100,nan])z=X+Yprintz=array([4,12,93,9,97,165,nan])我已经为此编写了一个简单的for循环,但它需要很长时间-不是一个明智的解决方案。另一种解决方案可能是创建更大的阵列并使用瓶颈nansum,但这会占用我的笔记本电脑太多内存。我需要超过11000个案例的运行总和。有没有人有聪明而快速的方法来做到这一点? 最佳答案 这是

python - 绘制对数分级网络度分布

我经常遇到并从复杂的网络中制作长尾度分布/直方图,如下图所示。从许多观察来看,它们使这些尾部的重端非常重且拥挤:但是,我读过的许多出版物都有更清晰的度数分布,在分布的末端没有这种团block,而且观察结果分布更均匀。!如何使用NetworkX和matplotlib制作这样的图表? 最佳答案 使用logbinning(seealso)。以下代码采用表示度值直方图的Counter对象并对分布进行log-bin以生成更稀疏和更平滑的分布。importnumpyasnpdefdrop_zeros(a_list):return[iforiin

python - Tensorflow 总结 : adding a variable which does not belong to computational graph

我有一个随训练迭代而变化的变量。该变量不作为计算图的一部分进行计算。是否可以将其添加到tensorflow摘要中以便与损失函数一起可视化? 最佳答案 是的,您可以在图表之外创建摘要。这是一个在图表之外创建摘要的示例(不是作为TF操作):output_path="/tmp/myTest"summary_writer=tf.summary.FileWriter(output_path)forxinrange(100):myVar=2*xsummary=tf.Summary()summary.value.add(tag='myVar',s