论文Independentphenotypicplasticityaxesdefinedistinctobesitysub-typeshttps://www.nature.com/articles/s42255-022-00629-2#Sec15s42255-022-00629-2.pdf论文中没有公开代码，但是所有作图数据都公开了，我们可以试着用论文中提供的数据模仿论文中的图今天的推文重复一下论文中的Fig1a散点图image.png散点图背后的圆圈暂时搞不懂是怎么做的，ggplot2里有一个函数geom_contour()应该可以实现，但是暂时没有搞清楚怎么使用两个图我采用拼图的形式来实现
论文MiDAS4:Aglobalcatalogueoffull-length16SrRNAgenesequencesandtaxonomyforstudiesofbacterialcommunitiesinwastewatertreatmentplantshttps://www.nature.com/articles/s41467-022-29438-7数据链接https://figshare.com/articles/dataset/Dueholm2021a_data_zip/16566408/1代码链接https://github.com/msdueholm/MiDAS4今天的推文我们重复
链接是https://z3tt.github.io/beyond-bar-and-box-plots/主要内容是介绍R语言ggplot2绘制柱形图和箱线图以及柱形图箱线图的替代方案的一些代码示例数据提供的是一个链接https://raw.githubusercontent.com/z3tt/DataViz-Teaching/master/data/weissgerber-data.csv链接里出的图有image.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.png链接里数据和代码都有，如果能够坚持每天重复其中一幅图的代码，你也可以熟
任务目标：批量绘制每个RNA文库reads比对情况的饼图；任务流程:数据预处理和图样式处理+循环出图library(RColorBrewer);library(ggforce);set.seed(123);;library(ggplot2);library(dplyr);library(tidyverse)数据集概况加载进来的的数据集是按行记录了每个文库的reads比对信息，其中比对类别存在列向量，绘图注意数据格式转换，绘制一个文库的饼图需要提取数据集的一行来进行处理。数据处理脚本第一步，绘图数据格式转换data.set%data.frame()%>%t()%>%data.frame()%>%
论文Meta-analysisoftheimpactsofglobalchangefactorsonsoilmicrobialdiversityandfunctionalityhttps://www.nature.com/articles/s41467-020-16881-7#Sec15论文里提供了数据和代码，很好的学习素材这篇论文是公众号的一位读者留言，说这篇论文提供了数据和代码，但是代码比较长，看起来比较吃力。我看了论文中提供的代码，大体上能够看懂，争取抽时间把论文中提供的代码都复现一下。因为论文中的图都对应着提供了作图数据，我们想复现论文中的图。关于用原始数据分析的部分后续有时间在单独介
论文Whole-genomedoublingdrivesoncogeniclossofchromatinsegregationhttps://www.nature.com/articles/s41586-023-05794-2#MOESM10作图数据都有，论文中的图也很好看，抽时间复现今天的推文复现一下论文中的Figure1e三角热图ggplot2能够做这种三角热图，但是怎么让热图的尖朝上，之前还没有尝试过，基本思路就是可以让整个图进行旋转，查了一下怎么让ggplot2整体旋转，很多都是借助grid包的语法来实现，但是grid的作图我还不是很理解，找了好长时间看有没有ggplot2的扩展包可以
论文EnvironmentalfactorsshapingthegutmicrobiomeinaDutchpopulationhttps://www.nature.com/articles/s41586-022-04567-7s41586-022-04567-7.pdf数据和代码下载链接https://github.com/GRONINGEN-MICROBIOME-CENTRE/DMP论文中提供的是模拟数据集这个分析的具体原理暂时还看不明白，当前只能试着把代码跑通输入数据集部分截图image.png读取数据集inDFmeta对数据集进行过滤他这里自定义了一个函数，很长很长，这里把他自定义的函数
论文Aglobalreptileassessmenthighlightssharedconservationneedsoftetrapodshttps://www.nature.com/articles/s41586-022-04664-7#Sec33数据代码链接https://github.com/j-marin/Global-reptile-assessment-今天的推文学习一下推文中的Figure1a的堆积柱形图，没有找到论文中的作图代码，但是找到了原始数据集，有了原始数据集就可以自己写代码来做这个图image.png作图数据集部分截图image.png读取数据集library(rea
论文Theflyingspider-monkeytreeferngenomeprovidesinsightsintofernevolutionandarborescencehttps://www.nature.com/articles/s41477-022-01146-6#Sec44数据下载链接https://doi.org/10.6084/m9.figshare.19125641今天的推文重复一下论文中的Figure1d中左下角的小图image.png论文中提供的原始数据集如下image.png需要将其整理成3个单独的数据集image.png首先是做数据整理的代码library(readxl
论文Aglobalreptileassessmenthighlightssharedconservationneedsoftetrapodshttps://www.nature.com/articles/s41586-022-04664-7#Sec33数据代码链接https://github.com/j-marin/Global-reptile-assessment-今天的推文学习一下推文中的Figure1b的环形堆积柱形图，没有找到论文中的作图代码，但是找到了原始数据集，有了原始数据集就可以自己写代码来做这个图image.png代码可以参考这个链接https://r-graph-galler
