在使用Seurat时,经常需要对不同分类的样本在同一画布上进行可视化,可以非常方便地通过其DimPlot()函数的goupyby和spliby等参数实现,例如对照组和实验组,如下:以正常和肿瘤组织作为区别但是在python的环境中,scanpy的sc.pl.umap()并没有这么灵活的参数。所以需要通过循环解决问题,sc.pl.umap中的color参数类似于Seurat的groupby,但其groups参数完全没有Seurat的splitby强大。所以我们可以通过python的Matplotlib包的plt.subplots()函数,结合循环将分组内容一一绘制,再多个分组图合并在一起,就实现
本教程使用Seurat包进行10xVisium单细胞空间转录组数据分析。这个教程涉及:标准化降维和聚类检测空间差异表达基因交互可视化与单细胞转录组整合分析整合切片信息#1.R环境##检查Seurat版本本教程:Seurat(>=3.2)help(Seurat)##安装包:#EntercommandsinR(orRstudio,ifinstalled)install.packages('Seurat')SeuratData是数据分发Seurat对象的包。使用它可以直接访问Seurat教程中使用的数据集。devtools::install_github('satijalab/seurat-data
本教程使用Seurat包进行10xVisium单细胞空间转录组数据分析。这个教程涉及:标准化降维和聚类检测空间差异表达基因交互可视化与单细胞转录组整合分析整合切片信息#1.R环境##检查Seurat版本本教程:Seurat(>=3.2)help(Seurat)##安装包:#EntercommandsinR(orRstudio,ifinstalled)install.packages('Seurat')SeuratData是数据分发Seurat对象的包。使用它可以直接访问Seurat教程中使用的数据集。devtools::install_github('satijalab/seurat-data