任务目标：批量绘制每个RNA文库reads比对情况的饼图；任务流程:数据预处理和图样式处理+循环出图library(RColorBrewer);library(ggforce);set.seed(123);;library(ggplot2);library(dplyr);library(tidyverse)数据集概况加载进来的的数据集是按行记录了每个文库的reads比对信息，其中比对类别存在列向量，绘图注意数据格式转换，绘制一个文库的饼图需要提取数据集的一行来进行处理。数据处理脚本第一步，绘图数据格式转换data.set%data.frame()%>%t()%>%data.frame()%>%

关注公众号，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你71篇原创内容-->公众号    最近分享了很多转录组的高级别分析，有同学问我这些分析怎么才能运用到文章中，文章的都应该分析哪些，才能够发篇SCI文章呢？这期我们就选择一篇最近发表的文章，利用桓峰基因的公众号里面的教程来搞一篇paper吧！21年3月发表在BMCCanner杂志（IF：4.43）。作者构建了膀胱癌RNA结合蛋白相关预后模型。该方向使用于癌症相关疾病的hub基因鉴定及预后模型构建。摘  要背景:RNA结合蛋白(RBPs)在转录后

⚠️不想充值付费的小伙伴可以点赞，会随机挑选幸运观众赠送全文。NGS分析手把手教学系列继WGS全基因组分析以后终于更新啦。这次是RNA-seq转录组分析。本文主要是指导操作流程，不会浪费篇幅在解释RNA-seq原理上。本章会使用人类基因组，比较组间的差异基因。其他物种的数据同样适用。所有代码都亲测可用(2022年9月），由于一些老旧版本的工具以及网络协议已经没法使用，所以也会有最新版本工具安装教学内容。除了需要修改路径和文件名，读者基本只需要复制黏贴就可以复现所有操作。这次主要介绍的管道工具是运用在很多生信服务器上的国际标准STAR，以及另外一款很常用并且配置不高的笔记本也能快速运行的kall

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一、质控前面我们从GEO下好了SRA数据并转换为fastq文件，现在需要对fastq文件进行质控，这里用的软件为fastqc。首先建好文件夹用来存放数据mkdir01raw02clean03alin04countfastqc1.pngR1=/mnt/d/bioinfo/project/rna/01raw/SRR15859344_1.fastq.gzR2=/mnt/d/bioinfo/project/rna/01raw/SRR15859344_2.fastq.gzfastqc$R1$R2这步会产生一个html文件，这就是fastqc的结果，我们可以双击在网页中打开进行查看。（详见下面介绍的fas

一、质控前面我们从GEO下好了SRA数据并转换为fastq文件，现在需要对fastq文件进行质控，这里用的软件为fastqc。首先建好文件夹用来存放数据mkdir01raw02clean03alin04countfastqc1.pngR1=/mnt/d/bioinfo/project/rna/01raw/SRR15859344_1.fastq.gzR2=/mnt/d/bioinfo/project/rna/01raw/SRR15859344_2.fastq.gzfastqc$R1$R2这步会产生一个html文件，这就是fastqc的结果，我们可以双击在网页中打开进行查看。（详见下面介绍的fas